مقاله پژوهشیمقدمه: کاردیومیوپاتی هایپرتروفیک و کاردیومیوپاتی اتساعی، عمدتاً با تظاهرات بالینی مختلف و در افراد با سابقه ی ژنتیکی پدیدار می شوند، در این حالت توالی یابی اگزوم امکان بررسی جامع از مناطق کدکننده ی پروتئین ژنوم را فراهم می کند و شناسایی انواع واریانت های نادر و بالقوه ی بیماری زا مرتبط با این شرایط را تسهیل می نماید. علاوه براین، داده های حاصل از توالی یابی اگزوم می تواند بینش گسترده تری را در مورد مکانیسم های مولکولی مؤثر در پاتوژنز کاردیومیوپاتی هایپرتروفیک و اتساعی ارایه دهد.روش ها: نمونه ی خون از دو فرد بیمار از دو خانواده ایرانی دارای کاردیومیوپاتی هایپرتروفیک و کاردیومیوپاتی اتساعی و اعضای خانواده های آن ها جمع آوری گردید، سپس با استفاده از روش Salting out، نمونه ی DNA آن ها استخراج شد. نمونه ها جهت انجام توالی یابی اگزوم به شرکت ماکروژن کره جنوبی ارسال شدند و سپس داده خام در مرکز قلب و عروق شهید رجائی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. طراحی پرایمر و PCR برای واریانت های کاندید و همچنین توالی یابی سنگر برای بیماران و خانواده آن ها انجام شد.یافته ها: در این مطالعه، دو واریانت گزارش شده ی مختلف، یکی در ژن  TPM1 (A:p.E156K< c.466G) و دیگری در ژنACTN2  (c.2648C>T:p.A883V)     در خانواده ی A (هردو هتروزیگوت) و یک واریانت گزارش شده در ژن (c.2218C>T:p.R740X)  در خانواده ی B (هموزیگوت) شناسایی شدند. جهش های یافته شده در بیماران تأیید و در اعضای خانواده ی سگرگیت شد.نتیجه گیری: نتایج مطالعه ی حاضر نشان داد، جهش های ژن هایTPM1،ACTN2  و NRAP در خانواده های دارای افراد مبتلا به کاردیومیوپاتی می تواند در علت یابی بیماری و شناسایی افراد در معرض خطر خانواده، کمک کننده می باشد.

زمینه و هدف: سندرم شیوگرن-لارسون (SLS) یک اختلال اتوزومال مغلوب می باشد که دارای سه مشخصه شامل ایکتیوز شدید، عقب ماندگی ذهنی، دی پلژی یا تتراپلژی اسپاستیک می باشد. با این وجود علایم دیگر؛ شامل اختلالات گفتاری و شناختی و همچنین صرع باعث شده است که متخصصان به راحتی این سندرم را شناسایی نکنند. امروزه با کمک تکنیک whole exome sequencing می توان درصد بالایی از این سندروم های هم پوشان را شناسایی کرد. در این مطالعه با به کارگیری این تکنیک سندروم SLS در یک خانواده ساکن سبزوار با سابقه ازدواج خویشاوندی شناسایی شد. مواد و روش ها: با استفاده از تکنیک Whole exome sequencing کل اگزون ها بررسی شد و پس از فیلترینگ و آنالیز، ژن های کاندید انتخاب و با تکنیک PCR و توالی یابی سنگر در اعضای دیگر خانواده تایید گردید. یافته ها: بررسی ژنتیکی مطالعه نشان داد که جهش در ژن ALDH3A2 با واریانت پاتوژنیک c. 943C>T باعث این سندروم شده است. نتیجه گیری: توالی یابی اگزوم، کمک بسیار بزرگی به خانواده ها در شناسایی علت بیماری کرده است. با این وجود بسیاری از این سندروم ها درمان اختصاصی ندارند و تنها کمک می کند که خانواده ها از تولد فرزندان با واریانت موردنظر جلوگیری کنند.

لطفا برای مشاهده چکیده به متن کامل (PDF) مراجعه فرمایید.

مقدمه: اراپلژی اسپاستیک توارثی یک بیماری نادر با الگوهای متفاوت توارثی است. شیوع این بیماری در نوع اتوزوم غالب و مغلوب حدود 8/1 در هر 100 هزار نفر است. اغلب افراد مبتلا در ایران حاصل ازدواج خویشاوندی می باشند. ضعف و اسپاسم عضلانی، تظاهر اصلی این بیماری است. هدف از مطالعه حاضر، بررسی ژنتیکی یک فرد مبتلا به پاراپلژی اسپاستیک توارثی از طریق روش توالی یابی کل اگزوم بود. روش کار: از یک فرد مبتلا به اختلال راه رفتن و اسپاسم اندام تحتانی و حاصل ازدواج خویشاوندی با الگوی توارث اتوزوم مغلوب نمونه خون محیطی تهیه، DNA استخراج و توالی یابی کل اگزوم انجام شد. پس از آنالیز داده های مرتبط با توالی یابی کل اگزوم، جهش مسبب بیماری در فرد مبتلا با استفاده از روش توالی یابی سنگر مورد بررسی قرار گرفت. همچنین پدر و مادر جهت تفکیک جهش و ناقل بودن بررسی شدند. این مطالعه توسط کمیته اخلاق دانشگاه علوم پزشکی اراک تأیید شده است (کد IR.ARAKMU.REC.1401.039). اصول اخلاقی مطابق با رهنمودهای کمیته اخلاق ملی و مقررات COPE رعایت شده است. این مطالعه با کد اخلاق IR.UOK.REC.1401.015 به تصویب کمیته اخلاق دانشگاه کردستان رسیده است. یافته ها: در مطالعه حاضر جهش بیماری زای هموزیگوت (NM_030954.4): c.304T>C (p.Cys102Arg) در اگزون شماره 4 ژن RNF170 در فرد مبتلا شناسایی شد. نوع بیماری، پاراپلژی اسپاستیک توارثی تیپ 85 تعیین شد. همچنین پدر و مادر فرد مبتلا واجد جهش به صورت هتروزیگوت و سالم بودند. نتیجه گیری: با استفاده از روش توالی یابی کل اگزوم جهش هموزیگوت در ژن RNF170 شناسایی شد. جهش در این ژن مسبب بیماری پاراپلژی اسپاستیک توارثی می شود. با توجه به ازدواج خویشاوندی والدین ناقل، از این یافته می توان برای اقدامات پیشگیرانه در فرزندان آینده استفاده کرد.

زمینه: کاردیومیوپاتی هایپرتروفیک شایعترین بیماری قلبی عروقی ژنتیکی است که اغلب دارای توارث اتوزومال غالب می باشد. هدف از این مطالعه، بررسی ژنتیکی یک خانواده مبتلا به بیماری کاردیومیوپاتی هایپرتروفیک با سه فرد مبتلا با استفاده از روش توالی یابی اگزوم کامل می باشد. روش کار: توالی یابی اگزوم کامل بر روی دو فرد مبتلا و یک فرد سالم خانواده انجام شد و واریانت کاندید با استفاده از روش توالی یابی سنگر بر روی سایر اعضای خانواده مورد بررسی قرار گرفت. با توجه به جدید بودن، این کاندید در 200 فرد سالم هم مورد مطالعه قرار گرفت. آنالیزهای مختلف بیوانفورماتیکی برای بررسی بیماری زایی واریانت انجام شدند. یافته: واریانت کاندید در دو فرد مبتلای ارسال شده برای توالی یابی اگزوم و همچنین در یک خواهر و یک برادر به ظاهر سالم وجود داشت. این واریانت جدید بوده و در هیچ یک از پایگاه داده ها وجود نداشت. نتایج اکوکاردیوگرافی بر روی اعضای خانواده نشان داد که یک برادر دیگر پروباند مبتلا به بیماری بوده و فاقد واریانت کاندید بود. بررسی واریانت در یک جمعیت 200 نفری سالم، عدم وجود واریانت را نشان داد. آنالیزهای بیوانفورماتیکی بیماری زا بودن واریانت را نشان دادند. نتیجه گیری: با وجود اینکه همه مطالعات اولیه واریانت کاندید، نشان از عامل ایجاد بیماری بودند، اما مطالعات بعدی بر روی افراد بیشتر خانواده، عامل بودن آن به تنهایی در این خانواده را رد کردند و از این نتایج می توان نتیجه گرفت آنالیز نتایج حاصل از توالی یابی اگزوم نیاز به دقت عمل و مطالعه بیشتر در شجره نامه هایی با تعداد افراد مبتلای بیشتر و مطالعات عملکردی برای اثبات بیماری زا بودن واریانت دارند.

مقاله پژوهشیمقدمه: بیماری های ذخیره ای لیزوزومی (Lysosomal storage diseases) LSDs، گروهی از بیماری های متابولیک هستند که در اثر جهش در آنزیم های لیزوزومی ایجاد شده و منجر به تجمع سوبسترای لیزوزوم می شود. بیماری گوچر و نیمن پیک، دو اختلال لیزوزومی اتوزومال مغلوب هستند که به ترتیب در اثر جهش در ژن بتا گلوکوزیداز و ژن اسفنگومیلین فسفودی استراز 1 ایجاد می شوند. ابزار تشخیصی قدرتمند مبتنی بر فناوری توالی یابی اگزوم (Whole-exome sequencing) WES با کمک به تشخیص سریع تر، زمینه را برای مشاوره ی ژنتیکی مناسب تر فراهم می کند.روش ها: در این پژوهش، پس از نمونه گیری در لوله ی حاوی ماده ی ضد انعقاد EDTA و استخراج DNA، تعیین توالی نسل بعد به کمک روش WES انجام پذیرفت. بعد از یافتن ژن کاندید، به منظور تأیید واریانت از روش (Poly chain reaction) PCR برای تکثیر و از نرم افزار کروماس برای خوانش توالی استفاده گردید.یافته ها: نتایج تعیین توالی اگزون 8 ژن GBA در فرد بیمار خانواده اول، حاکی از جهش هموزیگوت شناخته شده ی بیماری گوچر در ژن GBA: c.79C>T:p.I260S بود. نتایج تعیین توالی اگزون 9 از ژن NPC1 در فرد بیمار خانواده ی دوم، نشان دهنده ی جهش هموزیگوت در ژن NPC1: c.1350C>G.p.I450M می باشد که یک واریانت جدید در بیماران نیمن پیک است.نتیجه گیری: روش WES با ارزیابی هم‎زمان چندین ژن می تواند زمان تشخیص واریانت های بیماری زای بیماری های ذخیره ی لیزوزومی (LSDs) کاهش داده و به درمان بیماران کمک می کند.

هدف: از زمان شناسایی دو ژن پرنفوذ BRCA1/2 با وراثت بارز در دهه 1990 تاکنون ژن های مختلفی شناسایی شده است که در مجموع حدود 25 درصد اساس ژنتیکی سرطان پستان ارثی را توضیح می دهد و حداقل 75 درصد آن همچنان ناشناخته باقی مانده است. هدف از انجام این مطالعه بررسی وجود یا عدم وجود الگوی وراثتی مغلوب در این بیماری هتروژن است که احتمال وجود آن توسط برخی از محققین مطرح شده است.مواد و روش ها: در این مطالعه از روش توالی یابی اگزوم که جدیدترین روش مورد استفاده در شناسایی اساس ژنتیکی بیماری ها است استفاده شد. همچنین نتایج توالی یابی اگزوم با روش توالی یابی سنگر تایید شد.نتایج: در بررسی حاضر هیچ گونه جهش هموزیگوتی در خانواده مورد بررسی شناسایی نشد اما یک حذف 4 جفت بازی منجر به جهش تغییر چارچوب به صورت هتروزیگوت در اگزون 11 ژن BRCA2 و همچنین یک چند شکلی تک نوکلئوتیدی هتروزیگوت در اگزون 9 ژن STK11 در خانواده مورد نظر تشخیص داده شد.نتیجه گیری: واریاسیون rs80359352 که در این خانواده شناسایی شد یکی از جهش های بیماری زای شایع در ژن  BRCA2است که در پایگاه اطلاعاتی BIC گزارش شده است و قبلا در گروه های نژادی مختلف از جمله قفقازی، هیسپانیک و چینی مشاهده شده است و از طریق این مطالعه برای اولین بار وجود آن در جمعیت ایرانی و تفکیک آن در سرطان پستان ارثی گزارش می شود.

مقدمه: آلبینیسم چشمی-پوستی، یک بیماری ارثی با الگوی مغلوب اتوزومی است. میزان بروز این بیماری در حدود 1 در هر 17 هزار تولد است. اغلب افراد مبتلا در ایران، حاصل ازدواج خویشاوندی می باشند. موی سفید، پوست روشن و کاهش رنگدانه های عنبیه از تظاهرات اصلی این بیماری است. همچنین در معرض نور خورشید بودن، استعداد ابتلا به سرطان پوست را در این افراد افزایش می دهد. هدف از مطالعه حاضر، بررسی علت ژنتیکی یک فرد مبتلا به زالی چشمی-پوستی از طریق روش توالی یابی کل اگزوم بود. روش کار: از یک کودک مبتلا به آلبینیسم پوستی با الگوی توارث اتوزوم مغلوب، نمونه خون محیطی به مقدار 6 سی سی تهیه، DNA استخراج و توالی یابی کل اگزوم انجام شد. پس از آنالیز داده های توالی یابی اگزوم، جهش بیماری زا شناسایی شد. سپس جهت تأیید و تفکیک در فرد مبتلا و والدین او از روش توالی یابی سنگر استفاده شد. یافته ها: فرد مبتلا جهش بیماری زا (NM_000372. 5): c. 286dupA p. (Met96AsnfsTer73) را در اگزون شماره 1 ژن TYR به صورت هموزیگوت نشان داد. با توجه به ژن جهش یافته نوع بیماری، آلبینیسم چشمی-پوستی IA تعیین شد. همچنین والدین فرد مبتلا برای جهش مذکور هتروزیگوت بودند. نتیجه گیری: با استفاده از روش توالی یابی کل اگزوم با کارآیی بالا و سپس تائید جهش از طریق توالی یابی سنگر، جهش مسبب بیماری آلبینیسم چشمی-پوستی در فرد مبتلا شناسایی شد. با توجه به ازدواج خویشاوندی والدین، ناقل بودن و خطر تکرار 25 درصدی برای فرزندان آینده، از این یافته می توان برای اقدامات پیشگیرانه در آینده استفاده کرد.

1سندرم کارتاژنر یک اختلال ژنتیکی نادر با الگوی وراثتی اتوزومال مغلوب است که با سه گانه ای بالینی شامل سینوزیت مزمن، برونشکتازی و سایتوس اینورسوس مشخص می شود. این سه گانه شامل التهاب مزمن سینوس ها، گشاد شدگی غیر طبیعی برونش ها و آرایش آیینه ای اندام های داخلی است. این سندرم معمولاً با جهش هایی در ژن هایی که برای عملکرد مژک ها ضروری هستند، به ویژه ژن DNAH5 که یک پروتئین مهم برای حرکت طبیعی مژک ها را کد می کند، مرتبط است .این گزارش مورد یک واریانت جدید بیماری زا در ژن DNAH5 را در یک کودک دو ساله ایرانی که با سندرم کارتاژنر تشخیص داده شد، معرفی می کند. این کودک از دوران نوزادی، از 12 روزگی، دچار اپیزودهای مکرر ذات الریه بوده است. او از والدین خویشاوند به دنیا آمده، هر چند سابقه خانوادگی ابتلا به ذات الریه مکرر یا ناباروری وجود نداشته است. تشخیص این بیماری با توجه به وجود دکستروکاردیا به عنوان بخشی از سایتوس اینورسوس در این بیمار انجام شد. از میان تقریباً 49 ژن مرتبط با دیسکینزی اولیه مژکی (PCD) و سندرم کارتاژنر، جهش های ژن DNAH5 به عنوان علتی برای عفونت های تنفسی مزمن و نقص های جانبی اندام ها شناخته شده اند. بر اساس دستورالعمل های کالج ژنتیک پزشکی و ژنومیک آمریکا (ACMG)، واریانت (NM_001369.3)DNAH5 ، 1190-1193 (p.Phe397Ter ) del بر اساس معیارهای PS1 و PM2 به عنوان احتمالاً بیماری زا طبقه بندی شده است. فراوانی بسیار کم این واریانت در پایگاه های داده ژنومی، از جمله ایرانوم، همراه با مطابقت با معیارهای ACMG و تظاهرات بالینی بیمار، به طبقه بندی این واریانت به عنوان بیماری زا کمک می کند.